Category Archives: Laboratory Medicine

Variation in R. junceus could influence medical uses

biochemical markers, Biochemistry, Enzymes, Laboratory Medicine
J Pharm Pharmacogn Res 9(1): 1-12, 2021.

Original Article

Variation of cytochrome oxidase-I gene and venom proteins of Rhopalurus junceus populations in the Moanicum sector: Pharmacological implications

[Variación del gen citocromo oxidasa-I y proteínas del veneno de poblaciones de Rhopalurus junceus en el sector Moanicum: Implicaciones farmacológicas]

Rodolfo Rodríguez-Ravelo1,a, Ariel Ruíz-Urquiola2,a, Lourival D. Possani-Postay3, Humberto J. Morris-Quevedo4, Magdelaine Rodríguez-Ravelo5, Georgina Espinosa-López6*

1Center for Mountain Development, Ministry of Science, Technology and Environment, El Salvador, Guantánamo, Cuba.
2Museum für Naturkunde, Leibniz Institute for Research on Evolution and Biodiversity, Humboldt University, 10115 Berlin, Germany.
3Department of Molecular Medicine and Bioprocesses, Institute of Biotechnology, National Autonomous University of Mexico, Cuernavaca 62210, Mexico.
4Center of Studies for Industrial Biotechnology (CEBI), Universidad de Oriente, Santiago de Cuba 5, CP 90500, Cuba.
5Department of Pediatry, Pediatric Hospital “Pedro A. Pérez”, Guantánamo, Cuba.
6Department of Biochemistry, Faculty of Biology, University of Havana, 25 Street # 455, Vedado, Havana 4, CP 10400, Cuba.
aThese two authors contributed equally.
Abstract

Context: In Cuba, the venom of the endemic scorpion Rhopalurus junceus has been used in traditional medicine for cancer treatment. The genetic variability in populations from distinct origin and differences in the composition of venom –a little explored topic- could influence the pharmacological effects of products used in medical practice.

Aims: To characterize the populations of R. junceus from six different districts of the Moanicum sector in northeastern Cuba, taking into account the variations in the sequences of cytochrome oxidase subunit I gene (COI) and peptide masses of venom.

Methods: For the genetic characterization, a 658 bp gene fragment of COI was amplified by PCR. The genetic structure of populations was analyzed hierarchically, using an analysis of molecular variance (AMOVA). In proteomic analysis, molecular masses of venom constituents were arranged in increasing order, and different components were considered when masses differed by 2 Da.

Results: R. junceus species in the six districts studied in the Moanicum sector belong to different populations. The sequences of COI gene showed high levels of genetic variability, recovering 47 haplotypes (87% unique). The composition of the venom was also significantly different between the districts. The most abundant components presented masses of 3-6 kDa (K+-channel specific peptides) and 6,1-10 kDa (Na+-channel specific peptides).

Conclusions: Populations of R. junceus showed high genetic differentiation and a broad intraspecific variation in the venom peptides (3-10 kDa) in six districts of Moanicum sector of Cuba. This richness in scorpion varieties with different toxins profile should be considered for pharmacological applications.

Keywords: cytochrome oxidase subunit I; molecular variance; Rhopalurus junceus; scorpion venom.

Resumen

Contexto: En Cuba, el veneno del escorpión endémico Rhopalurus junceus se ha utilizado en la medicina tradicional para el tratamiento del cáncer. La variabilidad genética en poblaciones de distintos orígenes y las diferencias en la composición del veneno -tema poco explorado- podrían influir en los efectos farmacológicos de productos utilizados en la práctica médica.

Objetivos: Caracterizar poblaciones de R. junceus de seis distritos diferentes del sector Moanicum en el nordeste de Cuba, teniendo en cuenta las variaciones en las secuencias del gen citocromo oxidasa subunidad I (COI) y las masas peptídicas del veneno.

Métodos: Se amplificó un fragmento de COI de 658 pb por PCR. La estructura genética de las poblaciones se analizó jerárquicamente, utilizando un análisis de varianza molecular (AMOVA). En el análisis proteómico, las masas moleculares de los péptidos del veneno se organizaron en orden creciente, y se consideraron componentes diferentes cuando diferían en 2 Da.

Resultados: Los seis distritos estudiados en el sector Moanicum pertenecen a poblaciones diferentes. Las secuencias del gen COI mostraron altos niveles de variabilidad genética, recuperando 47 haplotipos (87% únicos). La composición del veneno también fue significativamente diferente entre los distritos. Los componentes más abundantes presentaron masas de 3-6 kDa (péptidos específicos del canal K+) y 6,1-10 kDa (específicos del canal Na+).

Conclusiones: Las poblaciones de R. junceus mostraron alta diferenciación genética y variación intraespecífica en los péptidos del veneno (3-10 kDa) en seis distritos del sector Moanicum. Esta riqueza de escorpiones con diferentes perfiles de toxinas debe considerarse para las aplicaciones farmacológicas.

Palabras Clave: citocromo oxidasa subunidad I; Rhopalurus junceus; varianza molecular; veneno de escorpión.

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Citation Format: Rodríguez-Ravelo R, Ruiz-Urquiola A, Possani-Postay LD, Morris-Quevedo HJ, Rodríguez-Ravelo M, Espinosa-López G (2021) Variation of cytochrome oxidase-I gene and venom proteins of Rhopalurus junceus populations in the Moanicum sector: Pharmacological implications. J Pharm Pharmacogn Res 9(1): 1–12.

© 2021 Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research (JPPRes)

Bacteria in mobile phones of medical laboratory workers at Sana’a city

antimicrobial activity, Contamination, Laboratory Medicine, Microbiology
J Pharm Pharmacogn Res 8(6): 591-599, 2020.

Original Article

Bacterial contamination of mobile phones of medical laboratory workers at Sana’a city, Yemen and their antimicrobial susceptibility

[Contaminación bacteriana de teléfonos móviles de trabajadores de laboratorios médicos en la ciudad de Saná, Yemen y su susceptibilidad a los antimicrobianos]

Wadhah Hassan Edrees1,2*, Mohammed Sadeq Al-Awar1

1Medical Laboratory Department, Faculty of Medical Sciences, Al-Razi University, Yemen.
2Medical Microbiology, Faculty of Applied Sciences, Hajjah University, Yemen.
Abstract

Context: Mobile phones of laboratory workers could harbor a variety of potentially pathogenic bacteria that cause nosocomial infection for the patients, self, and family members.

Aims: To determine the bacterial contamination on mobile phones belonging to the medical laboratory workers and assessment the antimicrobial susceptibility patterns of isolated bacteria at Sana’a city, Yemen.

Methods: A cross-sectional study was conducted from January to February 2020 on 100 laboratory workers’ mobile phones, which were randomly selected by moistened sterile swabs. The data were collected by using a designed questionnaire. The collected samples were transported to the microbiology laboratory at Al-Razi University for bacteria isolation and identification by standard bacteriological procedures. Antibiotic susceptibility testing was performed by the disc diffusion methods.

Results: The results revealed that the overall rate of bacterial contamination on the mobile phone was 70% with one type of pathogenic bacteria (88.6%). Staphylococcus aureus (34.6%) was the most  frequently isolated bacteria followed by Staphylococcus epidermidis (23.1%), Pseudomonas sp. (20.5%), Staphylococcus saprophyticus (15.4%), Enterobacter aergene (2.5%), Escherichia coli (1.3%), Citrobacter intermedites (1.3%), and Citrobacter freundiii (1.3%). The antibiotics susceptibility tests revealed that the highest sensitivity were S. aureus, S. epidermides, and S. saprophyticus against gentamycin, Pseudomonas sp. against kanamycin, E. aergenes against all tested antibiotics, and C. intermedites against gentamycin, vancomycin, and kanamycin. Also, Pseudomonas sp. was highly resistant to cefepime and vancomycin and S. saprophyticus to cefepime.

Conclusions: Mobile phones might play a role in the transmission of potentially pathogenic bacteria. It is required to promote personal hygiene and regularly disinfect the mobile phones and hands by alcohol before leaving the lab to minimize the cross-infection to the community and environment.

Keywords: antimicrobial; bacterial contamination; mobile phone; Yemen.

Resumen

Contexto: Los teléfonos móviles de los trabajadores de laboratorio podrían albergar bacterias potencialmente patógenas que causan infecciones nosocomiales a los pacientes, a sí mismos y a sus familiares.

Objetivos: Determinar la contaminación bacteriana en teléfonos móviles de los trabajadores del laboratorio médico y evaluar los patrones de susceptibilidad a los antimicrobianos de bacterias aisladas en la ciudad de Saná, Yemen.

Métodos: Se realizó un estudio transversal de enero a febrero de 2020 en los teléfonos móviles de 100 trabajadores de laboratorio, que fueron seleccionados al azar mediante hisopos estériles humedecidos. Los datos se recopilaron mediante un cuestionario diseñado. Las muestras recolectadas se transportaron al laboratorio de microbiología de la Universidad Al-Razi para el aislamiento e identificación de bacterias mediante procedimientos bacteriológicos estándar. La prueba de susceptibilidad a los antibióticos se realizó mediante métodos de difusión en disco.

Resultados: La tasa general de contaminación bacteriana en el teléfono móvil fue del 70% con un tipo de bacteria patógena (88,6%). Staphylococcus aureus (34,6%) fue la bacteria más frecuentemente aislada, seguida de Staphylococcus epidermidis (23,1%), Pseudomonas sp. (20,5%), Staphylococcus saprophyticus (15,4%), Enterobacter aergene (2,5%), Escherichia coli (1,3%), Citrobacter intermedites (1,3%) y Citrobacter freundiii (1,3%). Las pruebas de susceptibilidad a los antibióticos revelaron que las más sensibles fueron S. aureus, S. epidermides y S. saprophyticus frente a gentamicina, Pseudomonas sp. contra kanamicina, E. aergenes contra todos los antibióticos probados y C. intermedites contra gentamicina, vancomicina y kanamicina. Además, Pseudomonas sp. fue altamente resistente a cefepima y vancomicina y S. saprophyticus a cefepima.

Conclusiones: Los teléfonos móviles pueden desempeñar un papel en la transmisión de bacterias potencialmente patógenas. Se requiere promover la higiene personal y desinfectar regularmente los teléfonos móviles y las manos con alcohol antes de salir del laboratorio para minimizar la infección cruzada a la comunidad y al medio ambiente.

Palabras Clave: antimicrobiano; contaminación bacteriana; teléfono móvil; Yemen.

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Citation Format: Bacterial contamination of mobile phones of medical laboratory workers at Sana’a city, Yemen and their antimicrobial susceptibility. J Pharm Pharmacogn Res 8(6): 591–599.

© 2020 Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research (JPPRes)

Límites de biocontaminación en superficies

Laboratory Medicine, Microbiology, Pharmaceutical Science
J Pharm Pharmacogn Res 4(3): 115-121, 2016.

Short Communication | Comunicación Corta

Determinación de los límites de la contaminación microbiana presente en superficies de un laboratorio de referencia distrital de microbiología farmacéutica

[Limits determination of microbial contamination present on surfaces from a pharmaceutical microbiology district reference laboratory]

Natalia Charry*, Sandra L. Gómez

Laboratorio de Salud Pública. Dirección de Epidemiología, Análisis y Gestión de Políticas en Salud Colectiva. Secretaría Distrital de Salud, Bogotá, Colombia.
Abstract

Context: The bioburden present on the pharmaceutical microbiology laboratory’s surfaces, may increase the risk of cross-contamination when analytical tests are being carried out; periodic monitoring allows to set limits that reduce the risk.

Aims: To determinate the limits of bioburden present on seven surfaces of the pharmaceutical microbiology laboratory, after the cleaning and disinfection process.

Methods: The swabbing method was used for sampling. With a 25 cm2 stencil and a sterile swab, a sample was taken, passing the swab over five points of every surface chosen. A total aerobic microbial count and a total yeast and mold count was done. Finally, the average and the standard deviation of the counts was obtained.

Results: The average from the counts obtained on each surface selected for the study, were below the recommended limits by international entities like the World Health Organization and the European Union, between others; also, the results generated in this study, allow to classify the biosafety cabinet as an ISO 5 area and the other areas as ISO 7.

Conclusions: Bioburden levels on the tested surfaces are considered low, reducing the risk of cross-contamination, which could have a negative impact on laboratory’s activities. Also, it follows that disinfectant concentration used, is effectively.

Keywords: Controlled environment: cross-contamination; disinfection; surfaces sampling.

Resumen

Contexto: La presencia de carga microbiana en las superficies de un laboratorio de microbiología farmacéutica, puede aumentar el riesgo de contaminación cruzada durante el desarrollo de las pruebas analíticas; realizar monitoreos periódicos permite establecer límites que disminuyan dicho riesgo.

Objetivos: Determinar los límites de la contaminación microbiana presente en siete superficies del laboratorio de microbiología de medicamentos, después de llevar a cabo el proceso de limpieza y desinfección.

Métodos: Se empleó el método de hisopado para la toma de las muestras. Con la ayuda de un hisopo estéril y una plantilla de 25 cm2, se tomaron muestras en cinco puntos de cada superficie. Se realizó el recuento de microorganismos mesófilos aerobios, mohos y levaduras. Por último, se obtuvo el promedio y desviación estándar de los recuentos.

Resultados: El promedio de los recuentos obtenidos en todas las superficies objeto de estudio, se encontraron por debajo de los límites recomendados por entes internacionales como la Organización Mundial de la Salud y la Unión Europea, entre otras; así mismo, los resultados generados, permiten clasificar la cabina de bioseguridad como un área ISO 5 y las demás áreas como ISO 7.

Conclusiones: Se considera que los niveles de contaminación microbiana presente en las superficies evaluadas son bajos, disminuyendo el riesgo de contaminación cruzada que afecte las actividades propias del área; así mismo, se infiere que la concentración del desinfectante usado es efectiva.

Palabras Clave: Ambiente controlado; contaminación cruzada; desinfección; muestreo de superficies.

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Citation Format: Natalia Charry, Sandra L. Gómez (2016) Determinación de los límites de la contaminación microbiana presente en superficies de un laboratorio de referencia distrital de microbiología farmacéutica. | [Limits determination of microbial contamination present on surfaces from a pharmaceutical microbiology district reference laboratory]. J Pharm Pharmacogn Res 4(3): 115-121.

© 2016 Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research (JPPRes)

Characterization of Matricaria recutita tinctures

Analytical Chemistry, Herbal Medicine, Laboratory Medicine, Medicinal Plants, Natural Products, Phytochemistry
J Pharm Pharmacogn Res 4(1): 18-24, 2016.

Original Article | Artículo Original

Physicochemical and chromatographic method of characterization of Matricaria recutita tinctures

[Método de caracterización fisicoquímica y cromatográfica de tinturas de Matricaria recutita]

Jonathan Parra1, Pedro M. García-Barrantes1, Gerardo Rodríguez2, Beatriz Badilla1

1Instituto de Investigaciones Farmacéuticas (INIFAR), Universidad de Costa Rica, San Pedro, San José, Costa Rica.
2Laboratorio de Fitoquímica, Escuela de Química Industrial, Universidad Nacional de Costa Rica, Heredia, Costa Rica.
Abstract

Context: The pharmacological activity of medicinal products containing plant materials depends on their specific components. However, these components are not characterized in their entirety in all cases. Therefore, manufacturing processes must be duly characterized and validated.

Aims: To characterize a chamomile (Matricaria recutita) tincture through chemometric analysis of chromatographic data in order to establish quality parameters for its production.

Methods: Various chamomile tinctures were manufactured and the precision and robustness of the production process for each was verified. The physicochemical properties of the tinctures were characterized and their chromatographic digital fingerprints analysed through chemometric methods.

Results: A good correlation between the physicochemical characterization and the chromatographic analysis was demonstrated. The preparation methodology was proved to be repeatable as long as the source of the plant material is not altered.

Conclusions: The principal component multivariate analysis of chromatograms was a helpful and simple tool for the characterization and traceability of the production method.

Keywords: Liquid chromatography; Matricaria recutita; principal components analysis; tincture.

Resumen

Contexto: Para los productos medicinales que contienen material vegetal, la actividad farmacológica depende de sus componentes específicos; sin embargo, estos componentes no se encuentran completamente caracterizados en todos los casos; por ello, los procesos de manufactura deben ser caracterizados y validados.

Objetivos: Caracterizar una tintura de manzanilla (Matricaria recutita) por medio del análisis quimiométrico de datos cromatográficos para establecer parámetros de calidad en su producción.

Métodos: Se elaboraron varias tinturas de manzanilla, verificando la precisión y robustez del proceso de producción. Se caracterizó las propiedades fisicoquímicas de las tinturas y se analizó la huella digital cromatográfica por métodos quimiométricos.

Resultados: Se demostró una buena correlación entre la caracterización fisicoquímica y el análisis cromatográfico. El método de preparación demostró ser repetible si no se altera la fuente del material vegetal.

Conclusiones: El análisis multivariable por componentes principales de los cromatogramas demostró ser una herramienta útil y sencilla para la caracterización y trazabilidad del método de preparación.

Palabras Clave: Análisis por componentes principales; cromatografía líquida; Matricaria recutita; tintura.

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Citation Format: Jonathan Parra, Pedro M. García-Barrantes, Gerardo Rodríguez, Beatriz Badilla (2016) Physicochemical and chromatographic method of characterization of Matricaria recutita tinctures. J Pharm Pharmacogn Res 4(1): 18-24.
This article has been cited by:
Yanina IY, Lazareva EN, Tuchin VV (2018) Refractive index of adipose tissue and lipid droplet measured in wide spectral and temperature ranges. Applied Optics 57(17): 4839-4848. DOI: 10.1364/AO.57.004839

© 2016 Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research (JPPRes)

Validación de ensayos de alto rendimiento

Analytical Chemistry, Biochemistry, Laboratory Medicine, Medicinal Chemistry, Pharmacognosy
J Pharm Pharmacogn Res 2(1): 1-13, 2014.

Review | Revisión

Ensayos de alto rendimiento utilizados en farmacognosia: Selección, optimización y validación de métodos de inhibición enzimática por espectrofotometría UV-visible

[High-throughput screening assay used in pharmacognosy: Selection, optimization and validation of methods of enzymatic inhibition by UV-visible spectrophotometry]

Graciela Granados-Guzmán, Noemí Waksman de Torres, Rocío Castro-Ríos, Ricardo Salazar-Aranda*

Departamento de Química Analítica, Facultad de Química Analítica. Universidad Autónoma de Nuevo León. Madero y Aguirre Pequeño s/n, Colonia Mitras Centro. Monterrey, N. L., México. * E-mail: ricardo.salazarar@uanl.edu.mx
Abstract

In research laboratories of both organic synthesis and extraction of natural products, every day a lot of products that can potentially introduce some biological activity are obtained. Therefore it is necessary to have in vitro assays, which provide reliable information for further evaluation in in vivo systems. From this point of view, in recent years has intensified the use of high-throughput screening assays. Such trials should be optimized and validated for accurate and precise results, i.e. reliable. The present review addresses the steps needed to develop and validate bioanalytical methods, emphasizing UV-Visible spectrophotometry as detection system. Particularly focuses on the selection of the method, the optimization to determine the best experimental conditions, validation, implementation of optimized and validated method to real samples, and finally maintenance and possible transfer it to a new laboratory.

Keywords: High-throughput screening assays; validation studies; in vitro.

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Resumen

En los laboratorios de investigación, tanto de síntesis orgánica como de extracción de productos naturales, diariamente se obtienen una gran cantidad de productos que potencialmente pueden presentar alguna actividad biológica. Por esta razón es necesario contar con ensayos in vitro que proporcionen información confiable para continuar la evaluación en sistemas in vivo. Desde este punto de vista, durante los últimos años se ha intensificado el uso de ensayos de alto rendimiento. Dichos ensayos deben ser optimizados y validados para obtener resultados exactos y precisos, es decir confiables. En la presente revisión se abordan las etapas necesarias para desarrollar y validar métodos bioanalíticos, haciendo énfasis en la espectrofotometría Ultravioleta-Visible como sistema de detección. Particularmente se enfoca en la selección del método, la optimización para determinar las mejores condiciones experimentales, la validación, la aplicación del método optimizado y validado a muestras reales y, por último, el mantenimiento y posible transferencia de éste a un nuevo laboratorio.

Palabras Clave: Ensayos de rastreo de alto rendimiento; estudios de validación; in vitro.

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Citation Format: Graciela Granados-Guzmán, Noemí Waksman de Torres, Rocío Castro-Ríos, Ricardo Salazar-Aranda (2014) Ensayos de alto rendimiento utilizados en farmacognosia: Selección, optimización y validación de métodos de inhibición enzimática por espectrofotometría UV-visible. [High-throughput screening assay used in pharmacognosy: Selection, optimization and validation of methods of enzymatic inhibition by UV-visible spectrophotometry]. J Pharm Pharmacogn Res 2(1): 1-13.
This article has been cited by:
Granados-Guzman G, Salazar-Aranda R, Garza-Tapia M, Castro-Rios R, Waksman de Torres N (2017) Optimization and validation of two high-throughput methods indicating antiradical activity. Current Analytical Chemistry 13(6): 499-507. DOI: 10.2174/1573411013666170118111516
Gabino Garrido (2014) El primer año y el desafío de Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research. J Pharm Pharmacogn Res 2(5): i-iii. Website

© 2014 Journal of Pharmacy & Pharmacognosy Research (JPPRes)